La Compagnie des Bateaux-Mouches a lancé son premier navire à toit vitré en 1949, mais la navigation organisée sur la Seine remonte à l'Exposition Universelle de 1867, lorsque des ferries à vapeur transportaient les visiteurs entre les pavillons.
La flotte actuelle part du Port de la Bourdonnais, un quai en pierre sous le Pont d'Iéna où la structure en treillis de 330 mètres de Gustave Eiffel s'élève directement au-dessus. Le port a été formalisé en 1889 pour servir les foules inaugurales de la tour, et son emplacement reste inchangé.
Les billets de croisière sur la Seine et la tour Eiffel donnent accès à des boucles touristiques d'une heure passant par trente-sept ponts, dont le Pont Alexandre III avec ses Renommées dorées et le Pont Neuf, le plus ancien pont de Paris achevé en 1607. Les bateaux glissent sous le flanc sud de l'Île de la Cité, offrant des points de vue sur les arcs-boutants de Notre-Dame et les tourelles médiévales de la Conciergerie. Un commentaire enregistré en plusieurs langues identifie chaque monument par son nom et sa date de construction. Les navires standard transportent 350 passagers sur deux ponts ; le niveau supérieur ouvert permet une vue imprenable sur la façade Beaux-Arts du Musée d'Orsay et la voûte en berceau vitrée du Grand Palais.
Les billets combinés associent la croisière à un accès ascenseur chronométré au deuxième étage de la tour Eiffel à 115 mètres, ou à des dégustations de crêpes optionnelles dans les pavillons au bord de l'eau gérés par les Bateaux Parisiens. Les départs en soirée entre 20h00 et 22h00 coïncident avec la séquence lumineuse horaire de la tour, un spectacle de cinq minutes de 20 000 ampoules installées en 1985. L'itinéraire de la croisière sur la Seine s'étend sur 9,8 kilomètres du Pont de Bir-Hakeim au Pont de Sully, faisant le tour de l'Île de la Cité et de l'Île Saint-Louis. Les croisières hivernales offrent des cabines chauffées ; les mois d'été ajoutent des sièges extérieurs sur les ponts soleil avant.
Le terminal du Port de la Bourdonnais se trouve à 180 mètres au sud-est du pilier sud de la tour, accessible via le chemin piétonnier du Quai Branly. Les Jardins du Trocadéro et le Champ de Mars encadrent le point d'embarquement, et le jardin vertical du Musée du Quai Branly s'élève à 200 mètres à l'est. Les billets de croisière sur la Seine avec embarquement à la tour Eiffel réservent des créneaux de départ pour gérer la capacité du quai pendant les hautes saisons de juillet et août, lorsque le nombre quotidien de passagers dépasse 4 200. Les audioguides fonctionnent en quatorze langues, et des passerelles accessibles aux fauteuils roulants desservent les zones de sièges du pont inférieur.
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