La Compagnie des Bateaux-Mouches lanzó su primer barco con techo de cristal en 1949, pero la navegación organizada por el Sena se remonta a la Exposición Universal de 1867, cuando transbordadores de vapor transportaban a los visitantes entre los pabellones.
La flota actual parte del Port de la Bourdonnais, un muelle de piedra bajo el Pont d'Iéna donde se alza la estructura de 330 metros de Gustave Eiffel. El puerto se formalizó en 1889 para atender a las multitudes inaugurales de la torre, y su ubicación permanece inalterada.
Los billetes para el crucero por el río Sena y la Torre Eiffel brindan acceso a circuitos turísticos de una hora que pasan por treinta y siete puentes, incluido el Pont Alexandre III con sus Famas doradas y el Pont Neuf, el puente más antiguo de París, terminado en 1607. Los barcos se deslizan bajo el flanco sur de la Île de la Cité, ofreciendo vistas de los arbotantes de Notre-Dame y las torres medievales de la Conciergerie. Un comentario grabado en varios idiomas identifica cada monumento por su nombre y fecha de construcción. Los barcos estándar transportan a 350 pasajeros en dos cubiertas; el nivel superior abierto permite vistas despejadas de la fachada Beaux-Arts del Musée d'Orsay y la bóveda de cañón de cristal del Grand Palais.
Los billetes combinados vinculan el crucero con el acceso programado en ascensor a la segunda plataforma de la Torre Eiffel a 115 metros, o con degustaciones opcionales de crêpes en los pabellones ribereños operados por Bateaux Parisiens. Las salidas nocturnas entre las 20:00 y las 22:00 coinciden con la secuencia de luces horarias de la torre, una exhibición de cinco minutos de 20.000 bombillas instaladas en 1985. La ruta del tour en crucero por el río Sena se extiende 9,8 kilómetros desde el Pont de Bir-Hakeim hasta el Pont de Sully, circunnavegando tanto la Île de la Cité como la Île Saint-Louis. Los viajes de invierno cuentan con cabinas climatizadas; los meses de verano añaden asientos al aire libre en las cubiertas solárium delanteras.
La terminal del Port de la Bourdonnais se encuentra a 180 metros al sureste del pilar sur de la torre, accesible a través del sendero del Quai Branly. Los jardines del Trocadero y el Campo de Marte enmarcan el punto de embarque, y el jardín vertical del Musée du Quai Branly se eleva 200 metros hacia el este. Los billetes para el crucero por el río Sena con embarque en la Torre Eiffel reservan franjas horarias de salida para gestionar la capacidad del muelle durante las temporadas altas de julio y agosto, cuando el recuento diario de pasajeros supera los 4.200. Las audioguías funcionan en catorce idiomas y las rampas accesibles para sillas de ruedas sirven a las zonas de asientos de la cubierta inferior.
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